Douze ans apres...
Naruto Uzumaki est l'enfant de problème a l'akademie des ninja dans le village Konoha. Il est le plus mauvais dans la classe et fai toute la journer que des connerie. Malgré les doutes de son enseignant Iruka au talent de son élève Naruto celui-ci a un rêve : Il veut devenir Hokage, le Ninja supérieur du village. Toutefois, tous les adultes lui rencontrent rejetant, car dans son corps est scellé le Kyuubi, le demon renard au neuf queu dont a parler the king. Sous des difficultés, Naruto prend le premier obstacle, la conclusion à l'académie. Comme Ge-Nin il doit s'entrainer dan une ekipe de trois dont font partie: Sakura Haruno la fille la plus intelligente et Sasuke Uchiha dernier survivant du grand clan des Uchiha) Leur Sensei est Kakashi Hatake un Jo-Nin expérimenté qui ne peu pas sempasser de lire un certain livre. Le prochain objectif est maintenant de devenir des Chu-Nin, pour quoi ils doivent participer à un examen, auquel d'autres équipes des Konoha, participent également.
Et même d'autre village ninja. Mais l'examen est dérangé par Orochimaru et des Ninja de Suna. Orochimaru annonce de vouloir détruire le village. Mais ce n'est pas le seul probleme de Narutos : Avec la promesse de le rendre plus fort pour enfin tuer son frere, orochimaru convain sasuke de quitter le village. Sasuke veu tuer son frere Itachi parcequ'il a tuer tou son Clan que pour savoir quell force il avait!
Le Sasuke croit qu'il ne peut pas devenir asser fort, s'il reste encore dans Konoha avec ses amis. Maintenant, Naruto et Sakura ainsi que leurs amis essayent de trouver Sasuke et de le ramener,
Mai un nouveau danger menace Konoha. L'Akatsuki, une fédération des Ninja, dont l'Itachi fait également partie, veu le kyuubi, le Monster qui est scellé dans Naruto. Maintenant, Naruto et ses amis doivent arrêter Akatsuki qui ont aussi kidnapper Gaara.